Avhengig av hva som er framkommet i de foregående fasene, vil det hovedsaklige innledende arbeidet med å utvikle en ny kjerne foregå i henholdsvis det lavere, midtre eller høyere området. Det vil si at det kan dreie seg om først og fremst jeg-kjernen eller om det transpersonlige Selvet, eller begge i et eller annet forhold.
I det personlige arbeidet med jeg-kjernen, står teknikker for å utvikle viljen og en velegnet idealmodell sentralt.
Når det gjelder et transpersonlig arbeid, er psykosyntese et åpent system som ser først og fremst på den enkeltes behov. Affirmasjoner, kreativ meditasjon, reseptiv (mottaende) meditasjon og alle former for åndelig utøvelse kan bidra til transpersonlig vekst og utvikling.
Hovedregelen er at transpersonlig arbeid ikke skal skje på bekostning av nødvendig arbeid med jeg-kjernen. Mange erfarne utøvere av psykosyntese, bl.a. Piero Ferrucci, har påpekt det uheldige og skadelige i at arbeidet med den såkalte skyggen, dvs. ubearbeidede personlige elementer, skyves i bakgrunnen til fordel for et fascinerende arbeid i høyden.
Når det er sagt, har mange påpekt verdien av å jobbe transpersonlig selv i psykiatrisk alvorlige tilfeller. Dette støtter også psykosyntesens grunnleggende diagnostiske tenkning om at liknende symptomer på psykiske forstyrrelser kan ha vidt forskjellige årsaker. Det som for noen er symptomer på alvorlig sykdom, kan for andre indikere eksistensiell oppvåkning, og behandlingsmetodene blir følgelig ulike. Dermed blir et grundig arbeid i særlig den første fasen av psykosynteseprossen avgjørende viktig, ettersom det er der aktuelle arbeidsområder blir kartlagt og mulige framgangsmåter klargjort.